Der Protagonist von Rise of the Argonauts ist Jason, König der Insel Iolkos. Jason wird von seinen Untertanen geschätzt und hat den Frieden im Königreich bewahrt.
Doch, wie das Leben so spielt, nimmt das Unheil seinen Lauf, als Jason die Prinzessin Alceme von Mykene heiraten will. Am besagten Hochzeitstag greifen Assassinen und Söldner das Königreich an und Alceme wird durch einen feigen Angriff von einem Pfeil tödlich getroffen. Gemeinsam mit Herkules und seinen Truppen kann Jason den Angriff abwehren, doch das ist nur ein schwacher Trost für den Tod seiner geliebten Alceme, deren Tod er nicht akzeptieren kann. Er erfährt, dass es ein magisches Artefakt gibt, das es ermöglich Tote wieder zum Leben zu erwecken - Das Goldene Vlies!
So macht sich Jason gemeinsam mit Herkules und dem Kriegsschiff Argo auf dem Weg zu dem Orakel von Delphi, nachdem er seinem Onkel die Herrschaft über das Königreich während seiner Abwesenheit übertragen hat. Das Orakel befiehlt ihm drei Sterbliche, in deren Adern göttliches Blut fließt, nach Delphi zu bringen.
Auf seiner Suche nach dem Goldenen Fließ trifft Jason immer wieder auf Männer und Frauen, die zu seinen tapferen Mitstreitern werden wie etwa Pan, ein Satyr, der dem Orakel von Delphi als Berater dient oder Atalanta, eine Amazon-Bogenschützin.
Das gemeinsame Abenteuer kann beginnen, um die dunklen Machenschaften der Titanin Hekate un deren Blacktongue-Kult zu vereiteln.
Im Endeffekt wird die Story auf einen möglichen Schluss, einem "Happy End" hinauslaufen, was aber bei den vielen Möglichkeiten innerhalb der Story nicht weiter tragisch ist. So hat jede Figur im Spiel, die einen Namen trägt, auch eine Geschichte zu erzählen, welche durch die Entscheidung von Jason beeinflusst werden kann. Konsequenzen für das jeweilige Handeln, die nicht sofort eintreffen, können auch noch später ihre Zeit finden.
Auch die Hexe Medea und weitere Charaktere aus der griechischen Mytholgie werden einen Auftritt in RotA haben, auch wenn es nicht auf die Weise geschehen wird, wie es von Homer und Hesiods vorgegeben wurd.
Nun werden einige Hobbymythologen laut aufschreien: "Das ist aber nicht Konform mit der ursprünglichen Mythologie!" Lasst euch gesagt sein, dass das auch gar nicht das Anliegen der Entwickler war, denn eine einfaches "Remake" wäre zu unspektakulär. Außerdem ist es so möglich eine komplett neue Geschichte zu erzählen, die jeder versteht.